דוח מבקר המדינה מתייחס גם לפיתוח ושדרוג אטרקציה תיירותית – פארק הצפרות: טרם הוסדרה דרך הגישה אל הפארק, והפארק אינו מחובר לקווי תחבורה ציבורית.

דוח מבקר המדינה מתייחס גם לפיתוח ושדרוג אטרקציה תיירותית – פארק הצפרות .
באפריל 2012 החליטה הממשלה (החלטה 4512) על הקמת רשת מוקדי צפרות ארצית ולצורך כך "להקים ולתכנן מרכזי צפרות חדשים" ובכלל זאת לשדרג את פארק הצפרות באילת במסגרת תוכנית חומש לשנים 2012 עד 2016, והוקצו לשם כך תקציבים בסך של 37.2 מיליון ש"ח.

נמצא כי נכון ליוני 2025, בשל התמשכות תהליך העדכון של התוכנית הסטטוטורית הקיימת (משנת 1986), הגורמים החתומים על הסכם השותפות להפעלת הפארק – עיריית אילת, קק"ל והחברה להגנת הטבע, לא יכלו לתקצב פעולות פיתוח ושדרוג של תשתיות בפארק ולהופכו למוקד תיירות מרכזי.
עוד נמצא כי דרישת קק"ל לניהול הפארק באופן בלעדי עומדת בבסיס המחלוקת בין קק"ל לבין עיריית אילת והנהלת פארק הצפרות לעניין אופי ניהול הפארק.
בשל מחלוקת זו קק"ל אינה מעבירה 10 מיליון ש"ח לשדרוג הפארק, והדבר פוגע בהמשך קידום תוכניות ארוכות טווח עבורו.

כמו כן, טרם הוסדרה דרך הגישה אל הפארק, והפארק אינו מחובר לקווי תחבורה ציבורית; על אף שבוצעו בו פעולות ראשוניות לשדרוג תשתיות, עדיין תשתיות האינטרנט והחשמל, הנדרשות לצורך פעילויות אינטראקטיביות שהפארק מבקש להציע למבקרים בו ולצפרים מקצועיים, אינן מספקות את צורכי המקום, ואין בפארק מרכז מבקרים ממוזג; מתחם השירותים בפארק מצומצם מאוד ואינו מחובר לרשת הביוב העירונית. כל אלה מונעים את ניצול הפוטנציאל התיירותי הקיים בפארק.

ממשרד התיירות נמסר בתגובה לגבי פארק הצפרות: "כל התקציבים שהוקצו מתוקף החלטת הממשלה שימשו לביצוע עבודות נרחבות בפארק (שבילים, מסתורים תצפיות ועוד) והסתיימו לפני שנים.
יתרה מכך, מעבר לתקציבי החלטת הממשלה, על סמך סיוע המשרד לקידום התב"ע המאפשרת את עבודות הפיתוח בפארק, המשרד עודד את עיריית אילת להגיש בקשה בשנת 2024 לקבלת תקציב לקידום עבודות נוספות בפארק הצפרות ואכן אושר תקציב נוסף של המשרד בסך 8 מלש"ח עבור פיתוח דרכי גישה, חניות לרכבים פרטיים ולאוטובוסים ולהקמת תשתיות קבע של חשמל, סיבים אופטיים וחיבור לביוב.

לגבי מחלוקת עם קק"ל: זו אינה מוכרת למשרד והוא אינו אחראי לה, כמו גם לתפעול האתר, שכן המשרד עוסק רק בהקמה.